L'attuale aspetto del Fontego dei Turchi è dovuto al restauro attribuito a Federico Berchet nella seconda meta dell'Ottocento.
Quando il Comune di Venezia (sotto il dominio austriaco) lo acquistò nel 1860, l'edificio versava in pessime condizioni e aveva subito dei disastrosi crolli interni.
Quello che seguì, più che un restauro fu una ricostruzione. Infatti, pur ispirandosi allo stile originale veneto-bizantino del XIII secolo ed utilizzando anche la stessa tipologia di materiali, il palazzo (uno dei più antichi di Venezia, costruito nel 1227), venne cambiato sostanzialmente, mantenendone l'aspetto solamente in alcuni elementi propri della struttura tipica del fondaco.
Il Fontego dei Turchi si affaccia sul Canal Grande nel Sestiere di Santa Croce, non lontano dalla Chiesa di San Giacomo dell’Orio, accanto al Fontego del Megio.
Fu costruito su incarico di Giacomo Palmieri, mercante e console del Comune di Pesaro nonché capostipite della famiglia Pesaro.
Verso la fine del XIV secolo fu donato dalla Serenissima a Niccolò II d'Este, grazie all'alleanza con lui stipulata durante la Guerra di Chioggia e nel secolo a seguire cambiò spesso di proprietà, dipendentemente dalle alleanze politiche e militari che via via si stringevano, fino al 1621, anno in cui venne convertito a magazzino e sede commerciale per i turchi.
Vi era infatti la necessità di riunire in un unico luogo tutti i mercanti ottomani: da un lato per salvaguardare la loro incolumità e proteggere le loro merci, dall'altro per poterli controllare più facilmente.
Nonostante fosse anche la sede diplomatica dell'Impero Ottomano a Venezia, vennero loro imposte diverse limitazioni, non ultima quella di rientrare non oltre un determinato orario.
Durante e dopo la guerra di Candia, che durò dal 1645 al 1669 e si concluse con la sconfitta dei veneziani, i commerci con l'Impero Ottomano si affievolirono fino ad arrestarsi definitavamente: il palazzo fu venduto prima ai Pesaro e successivamente ai Manin.
Dopo il restauro,iniziato negli anni sessanta del XIX secolo, fu destinato a sede del Museo Correr fino al 1922, anno in cui fu trasferito nell'attuale sede.
Dall'anno successivo ospita il Museo Civico di Storia Naturale di Venezia le cui collezioni comprendono due milioni di reperti che coprono un arco cronologico di 700 milioni di anni: raccolte zoologiche, entomologiche, botaniche; fossili e preparati anatomici, “mirabilia”, e una biblioteca di 40 mila volumi.
Nonostante i contrasti nati a seguito dello sfortunato restauro del Berchet, il Fontego dei Turchi rimane tuttora uno tra i più affascinanti palazzi di Venezia e custodisce il più bel Museo di Storia Naturale d'Italia.
